一般社団法人・一般財団法人への移行

   ●既存の公益法人はどうする

   既存の公益法人は、平成２０年１２月１日以降は、特定の手続きを経ずに特例民法法人となり、平成２０年１２月１日から５年間の移行期間に一般社団法人・一般財団法人又は公益社団法人・公益財団法人への移行申請を行うことになります。これは、整備法に規定されている移行の手続きに従って申請します。
   なお、特例民法法人が移行期間終了日である平成２５年１１月３０日までに移行申請を行わなかった場合、又は移行期間の終了までに移行申請を行っても移行期間の終了後に認定又は認可が得られなかった場合には、解散したものとみなされます。    移行するまでの間は、従前どおり、主務官庁が特例民法法人の業務の監督をすることとなります。

   ●一般社団・財団法人への移行手続き

   特例民法法人が一般社団・財団法人へ移行する際の手続きは、次のとおりです。

＜ステップ1＞移行の認可申請の準備

①　組織形態等の見直し・・・新たな一般社団法人･一般財団法人として、一般社団･財団法人法に適合するよう、組織形態等を見直します。
②　定款の変更・・・一般社団法人・一般財団法人になった場合には、このように定款を変更（法人名称の変更等）するという「定款の変更の案」を、社員総会の決議を経るなどをして、法人として正式に意思決定しておきます。
③　公益目的支出計画の作成・・・一般社団法人・一般財団法人への移行の認可を受けようとする法人は、基本的に、移行後に当該法人が公益の目的のために支出すべき額として移行の時点での正味財産額を基礎として算出した額（公益目的財産額）に相当する金額を公益の目的のために支出することにより零とするための計画（公益目的支出計画）を作成しなければなりません。
   ただし、一般社団法人・一般財団法人への移行の認可を受けようとする法人のうち、正味財産額が一定を超えないものは、公益目的支出計画を作成する必要はありません。

＜ステップ2＞許可の申請

   内閣総理大臣又は都道府県知事あてに、認可申請書類を提出します。申請書類は次の通りです。
①　申請書（申請法人の名称、主たる事務所及び従たる事務所の所在場所などを記載）
②　定款及び定款の変更の案
③　公益目的財産額及びその計算を記載した書類
④　財産目録、貸借対照表その他の財務書類
⑤　公益目的支出計画を記載した書類
⑥　その他

＜ステップ3＞申請の審査

   申請を受けた内閣府（都道府県）は、申請書類を確認の上、公益認定等委員会（都道府県に置かれる合議制の機関）に諮問します。
   移行認可の基準は、次の通りです。
①　定款の内容が法人法に適合するものであること。
②　法人移行時の純資産額を基礎に計算した公益目的財産がある法人は、適正な公益目的支出計画を作成し、確実に実施すると見込まれるものであること。公益目的支出計画は、その実施が完了するまで、各事業年度ごとにその実施状況を明らかにする書類でなければなりません。

＜ステップ4＞認可、不許可

   公益認定等委員会（都道府県に置かれる合議制の機関）の答申を受けて、認可をすることが決定されると、認可書が交付されます。
   認可をされなかった場合は、特例民法法人（社団法人、財団法人）のままであり、定款の変更の案は、効力を生じません。認定されるために必要な改善を行って、再度、一般社団法人・一般財団法人への移行の認可申請をすることができます。（移行期間中であれば、申請回数に制限はありません。）

＜ステップ5＞移行の登記

   認可を受けた法人は、２週間以内に主たる事務所の所在地の登記所に、また、３週間以内に従たる事務所の所在地の登記所に、法人の名称等を変える「移行の登記」(解散の登記と設立の登記)をする必要があります。
   移行の登記をした日から、申請した定款の変更が効力を生じ、一般社団法人、一般財団法人となります。
   認可を受けたのに登記しないでいると、認可を取り消されることがありますので注意が必要です。

＜ステップ6＞税務の手続

   特例民法法人が、一般社団法人、一般財団法人への移行の認可を受けた場合には、解散の登記と設立の登記をし、その登記をした日の前日を事業年度の末日として、事業年度が区切られます。

   したがって、その特例民法法人に法人税の申告・納税義務がある場合には、区切られた事業年度に係る申告期限までに確定申告書を提出する必要があります。

   また、一般社団法人、一般財団法人への移行、認可を受けた日以後速やかに、認可を受けた旨を記載した「異動届出書」を、納税地の所轄税務署長に提出しなければなりません。

＜ステップα＞許可の取消

   一般社団法人、一般財団法人の認可を受けた法人が、その認可が偽りその他不正の手段によるものである場合には、行政庁からその認可が取り消されます。この取消しが、移行期間中である場合にはその法人は特例民法法人とみなされ、移行期間満了の日後の場合には解散したものとみなされます。
   許可を取り消されて特例民法法人とみなされる法人は、法人税法上、「認可取消社団法人」又は「認可取消財団法人」とされ、従前の特例民法法人の課税関係が適用されるのではなく、非営利型法人に該当する場合には公益法人等として収益事業課税が、それ以外の場合には普通法人と同じ課税関係が適用されます。